답글이 각각 Re: 라는 제목으로 게시물로 달리던, 옛날 KPUG게시판 등을 연상하면 됩니다. (그 때 글이 어느 방향으로 달렸나는 모르겠는데) 한 번 글을 쓸 때 확실히 할 말을 잘 정리해서 쓰는 게 중요하겠죠.
독립적인 답글이라면 위로 달려도 큰 문제는 없다 싶고, 기존 글에 덧붙일 거면 페이지 수정으로 들어가서 쓸 수도 있고, 새로 달린 글을 얼른 찾기 힘들다는 게 문제라면 서명 옆에 NEW 표시를 보고 찾으면 무방하지 않을까 싶네요. 아니면 그냥 조프위키의 구현처럼 무조건 답글을 아래에만 다는 패치를 넣어도 되고요. (ext소스에 그냥 조프위키의 것을 복사해서 넣어도 될 겁니다)